«خدا لعنتت کند، بايد دهن‌تان را پر از باروت کرد و زبانت بريده باد». روایت علی مجتهدزاده، وکیل دادگستری از جلسه محاکمه مسعود کاظمی در شعبه ۲۸ دادگاه انقلاب و جملاتی که محمد مقیسه خطاب به این روزنامه‌نگار در جریان محاکمه او گفته است. روایتی مشترک و مشابه از سوی کسانی که سرنوشت‌شان با احکام صادره از سوی قاضی شعبه ۲۸ زیر و رو شد.
بهاره هدایت، فعال دانشجویی نوشته است که «در دادگاه گفت من روزی ۲بار، یه بار صبح یه بار شب، فیلم اغتشاشات رو نگاه می‌کنم تا قبراق بیام تو دادگاه. خوب می‌دونم باید با شماها چیکار کرد. منطقش درباره همه همین بود: کاری می‌کنم که عبرت بقیه بشی.»
محمد مقیسه، قاضی شعبه ۲۸ دادگاه انقلاب با ارتقای مقام از این شعبه به دیوان عالی کشور رفت. یک منبع آگاه به رادیو فردا گفته است که حکم ارتقای مقام قاضی مقیسه دو هفته پیش صادر شده و او قرار است بر مسند مستشاری دیوان عالی کشور بنشیند.
به گفته این منبع «دیوان عالی کشور بالاترین مرجع قضایی است و انتقال قاضی مقیسه از دادگاه انقلاب به این دیوان، ارتقا مقام به تمام معنا است، ارتقای مقامی که با اصرار خود او صورت گرفته و از زمان ریاست آملی لاریجانی، ریاست پیشین دستگاه قضایی، مقیسه خواستار انتقال به دیوان عالی کشور بود.»
یک وکیل دادگستری به رادیو فردا گفته است که حضور محمد مقیسه در دیوان عالی کشور بسیار خطرناک است. او توضیح داده است: «آقای مقیسه، قاضی بسیار بی سوادی بود و بله قربان گوی دستگاههای امنیتی. نفس رفتن اش از شعبه ۲۸ بسیار خوب است اما چون او قانون بلد نبود هر حکمی که صادر می کرد ما امید به دیوان عالی کشور داشتیم که می رویم در دیوان و حکم را نقض می کنیم اما الان خودش به عنوان مستشار یعنی قاضی به دیوان رفته و آنجا تصمیم گیر است و از این جهت خطرناک است.»
شعبه ۲۸ دادگاه انقلاب در کنار شعبه ۱۵ این دادگاه در سال‌های گذشته از شعب خاصی بودند که اکثر پرونده‌های سیاسی و امنیتی به آنها ارجاع و به صدور حکم‌های سنگین اعدام، زندان و شلاق معروف هستند. این دو شعبه محاکمه بسیاری از فعالان سیاسی و مدنی، روزنامه‌نگاران و معترضان را از سال ۱۳۸۸ برعهده داشته‌اند.
محمد مقیسه بر اساس محاسبه سایت اطلس زندان‌های ایران تنها در چند سال اخیر در ۳۳۵ پرونده، ۱۶۵۳ سال حکم زندان صادر کرده و تصویری که روایت‌های فعالان سیاسی، مدنی و روزنامه‌نگارانی که توسط قاضی مقیسه محاکمه شده اند از او ارائه می‌دهد تصویری حاکی از بداخلاقی، بی‌سوادی، خشونت، بی‌رحمی و صدور احکام بسیار سنگین است. ضیا نبوی، فعال دانشجویی نوشته است: «سال ۸۸ در یک جلسه دادگاه، خطاب به دو متهم که هم‌پرونده بودند گفت: "راستش رو بگید، وبلاگ توی خونه کدوم یکی‌تون پیدا شده؟!"»
شهاب الدین نظری، فعال سیاسی نوشته است که «دادگاه ۱۰-۱۵ دقیقه بیشتر طول نکشید! عصبی بود و پرخاشگر. وکیلم تهدید به اخراج از جلسه شد و نهایتاً یک سال حبس».
براساس گزارش کمپین دفاع از بازداشت‌شدگان هفت‌تپه، قاضی مقیسه در جریان حضور متهمان پرونده در دادگاه، به صراحت اعلام کرده است که احکام صادره علیه متهمان پرونده هفت‌تپه بسیار خداپسندانه و عادلانه بوده و با صدور این حکم‌ها آخرت خود را خریده‌ام.
صدور حکم اعدام برای جعفر کاظمی، حامد روحی نژاد، شهرام احمدی، محمدعلی حاج آقایی، سعید ملک پور و محمدامین ولیان، ۱۴۰ سال زندان برای هفت مدیر جامعه بهایی، ۳۳ سال زندان و ۱۴۸ ضربه شلاق برای نسرین ستوده، ۸۹ سال زندان برای متهمان سایت آپارات، ۲۰ سال و نیم زندان و ۱۹۸ ضربه شلاق برای مهدی موسوی و فاطمه اختصاری، ۴۵ سال زندان برای بازداشت شدگان پرونده هفت تپه و احکام غیابی زندان برای تعدادی از ایرانیان خارج از کشور، از جمله گوگوش، از احکامی است که توسط محمد مقیسه صادر شده است. مجید توکلی، بهاره هدایت، ابوالفضل قدیانی، مصطفی تاج زاده، مهدی هاشمی و بسیاری از معترضان اعتراضات سال‌های اخیر از جمله کسانی بودند که محمد مقیسه به پرونده‌های آنها رسیدگی کرده است.
تا پیش از سال ۱۳۹۶ و دادگاه متهمان پرونده بابک زنجانی هیچ عکسی از محمد مقیسه منتشر نشده بود. از سوابق او هم تا پیش از ریاست شعبه ۲۸ دادگاه انقلاب کمتر اطلاعاتی منتشر شده است.
ايرج مصداقی فعال حقوق بشر و زندانی سیاسی سابق که به مدت ده سال از سال ۱۳۶۰ تا ۱۳۷۰ در زندان های اوين، قزل‌حصار و گوهردشت به سر برده در مصاحبه‌ای با کمپین حقوق بشر در ایران گفته است که دليل چنين پنهان‌کاری به دليل سوابق تاريک و غيرقابل دفاع محمد مقيسه (يا آنچنان که زندانيان دهه شصت وهفتاد به ياد می‌آورد بازجو و يا داديار ناصريان) است.
به گفته آقای مصداقی محمد مقيسه «يکی از شريرترين چهره‌های جمهوری اسلامی در زندان‌ها» بود. او توضیح داده است: «مقیسه يا ناصريان در دادسرای انقلاب اسلامی از سال ۶۰ شروع به کار کرد. در آنجا داديار شعبه بود و در شکنجه زندانيان سياسی مشارکت فعال داشت. شعبه ۳ اوين بود. بعد از آن بود که در سال ۶۴ در زندان قزل حصار دادیار ناظر زندان شد و بعد از بسته شدن زندان قزل‌حصار وی داديار ناظر زندان در زندان رجايی شهر شد. او در دوران کشتار سال ۱۳۶۷ نقش فعالی در کشتن زندانيان در زندان گوهردشت داشت. آن موقع جدای از اينکه داديار زندان بود سرپرست زندان گوهردشت نيز بود. در واقع بدون اينکه سواد حقوقی يا تحصيلی در اين مورد داشته باشد فقط به خاطر اينکه در حد بسيار محدودی دروس حوزوی را پشت سر گذاشته بود به پست دادياری در زندان رسيد و بعد از قتل عام ۶۷ به اوين منتقل شد و داديار زندان اوين بود. تعدادی داديار نيز زير دست او کار می‌کردند. بعد به ساختمانی دادستانی مرکز در خيابان معلم منتقل شد. بعد ها بود که در دهه هشتاد رياست شعبه ۲۸ دادگاه انقلاب را به عهده گرفت. درهمان جا احکام زيادی عليه زندانيان سياسی صادر کرده است».
وزارت خزانه‌داری ایالات متحده آمریکا ۲۸ آذر ۱۳۹۸ محمد مقیسه را به اتفاق ابوالقاسم صلواتی، رئیس شعبه ۱۵ دادگاه انقلاب به دلیل دست داشتن در مجازات مردم ایران و شهروندان دو تابعیتی در فهرست تحریم‌های خود قرار داده است.
آنها متهم هستند که با ریاست محاکمه‌های نمایشی رژیم جمهوری اسلامی عدالت را منحرف کرده‌اند، محاکمه‌هایی که در آنها روزنامه‌نگاران، وکلا، فعالان سیاسی و اعضای اقلیت‌های قومی و مذهبی به خاطر حق ابراز آزادی بیان و تشکیل اجتماعات، مجازات و به زندان‌های دراز مدت، شلاق و حتی اعدام محکوم شده‌اند.
