اگر در میان تعاریف متعدد «جامعه مدنی» به این تعریف باور داشته باشیم که چنین جامعه‌ای، قانونمند و مبتنی بر قراردادهای اجتماعی، شفاف، حافظ حقوق افراد، مبتنی بر حاکمیت ملی، توزیع کننده قدرت در چهارچوب احزاب و شوراهاست و در این تلقی وقتی اصطلاح جامعه مدنی به کار می‌رود اشاره به کل جامعه است با این تعریف می‌توان درک کرد چرا محمد خاتمی بحث جامعه مدنی را به میان کشید و کوشید زمینه‌های پذیرش آن از سوی راستگرایان را فراهم آورد.
اما سازمان‌های مدنی و بخش پویای جامعه یعنی زنان و جوانان منتظر پذیرش جبهه راستگریان نماندند و فعالیت‌های خود را برای تحقق این مهم آغاز کردند.
کمپین یک میلیون امضا، تاسیس NGO ها یا همان سازمان های مردم‌نهاد و قوام گرفتن نهادهای مدافع حقوق زنان نمونه‌هایی از این تلاش‌ها برای شالوده ریزی آن چیزی بود که از «جامعه مدنی» در باور کنشگران این عرصهوجود داشت.
قاسم شعله سعدی، استاد علوم سیاسی و نماینده سابق مجلس در تشریح این نهادها و میزان موفقیت‌شان به رادیو فردا می‌گوید:« در غیبت عملکرد واقعی احزاب و سندیکاها مثل سندیکاهای کارگری و کارفرمایی و ...درواقع که آن هم به دلیل ساختار قدرت و حکومت در ایران که دموکراتیک نیست یعنی طبق قانون اساسی اصلا اصل دوم قانون اساسی می‌گوید حاکمیت و قانونگزاری اختصاص به خدا دارد و مردم هم لازم است در مقابل امر خدا تسلیم باشند و حتی در ئظام اسلامی مجلس قانوگذار به معنی واقعی هم وجود ندارد چون می‌گوید قانون همان است که به پیامبر از طریق وحی ابلاغ شده است. لذا بالای سر مجلس هم نهاد شورای نگهبان وجود دارد که مصوبات مجلس را اگر مخالف شرع تشخیص دهد وتو کند. لذا ساختار قدرت و حکومت در ایران یک ساختار غیر دمکراتیک است.
در چنین ساختاری نهادهای مردم نهاد می‌توانند نقش عمده‌ای ایفا کنند هرچند آن‌ها هم با مشکلات ساختاری مواجه هستند. مثلا یک موسسه‌ای به نام کانون مدافعان حقوق بشر ایجاد شد که همه اعضایش را گرفتند. مثلا کانون وکلای دادگستری که می‌شود گفت قدیمی‌ترین و مهم‌ترین نهاد غیردولتی بوده توسط همان لایحه برنامه پنج‌ساله که توسط دولت آقای خاتمی تقدیم مجلس شد اولین ضربه را خورد. این نهادها البته شاید هم حق داشتند زیرا هر اقدامی که می‌کردند با یک هزینه سنگینی مواجه می‌شد».
پس از آن که محمد خاتمی منظور خود از جامعه مدنی را همان مدینه النبی معرفی کرد مشخص شد دیدگاهی که وی مطرح می‌کند در چند نقطه اساسی با دیدگاه سازمان های مردم‌نهاد تفاوت دارد.
به باور خاتمی اسلام از مفاهیمی برخوردار است که به‌طور بالقوه می تواند نیازهای انسان امروز به اموری چون آزادی و یک جامعه مبتنی بر نهادهای مدنی را برآورده سازد.
این الگو از جامعه مدنی را می توان بخشی از امری دانست که خاتمی «مردم سالاری دینی» و «مدینه‌النبی» نام می نهد.
سازمان‌های مردم‌نهاد و به تبع آن‌ها اقشار دیگر جامعه دریافتند تفاوت‌هایی میان آنچه آن‌ها از جامعه مدنی در ذهن داشتند و آنچه محمد خاتمی از جامعه مدنی در نظر داشت وجود دارد. از سوی دیگر جناح راست‌گرای درون حکومت نیز حتی با همان " مدینه النبی" مورد نظر خاتمی مخالفت کرد یعنی دیدگاه خاتمی از دو طرف مردم و حکومت مورد مخالفت یا دست‌کم مورد تردید واقع شد.
حسین قاضیان، جامعه شناس ساکن آمریکا در انتقاد از دیدگاه محمد خاتمی نسبت به جامعه مدنی به رادیو فردا می‌گوید:« آقای خاتمی از بعضی جنبه‌ها موفق بود اما از بسیاری جنبه‌ها ناموفق.
از این جهت موفق بود که به‌هرحال این گفتمان جامعه مدنی را که شاید یک دهه پیش از آن در جهان نشو و نمو کرده و احیا شده بود را در گفتمان سیاسی و عمومی ایران وارد کرد و این کلمه و کلمات مرتبط با آن در گفتارهای عمومی جای مهمی پیدا کرد اما در مقام سیاستمداری که حالا رییس جمهوری شده، قدرت را در دست دارد و مجلسی با وی همراه شده ( مجلس ششم) نتوانست آن اقداماتی را که از یک سیاستمدار انتظار می‌رود انجام بدهد تا اون حرف‌ها را عملیاتی کند و تبدیل کند به برنامه، به قانون، به روال اداری، به نهاد، سازمان و چیزی که نشود به راحتی به آن دست زد، در این زمینه ناموفق بود. مثلا می‌بینید یک قانون مهم در زمینه حوزه جامعه مدنی، مسائل صنفی و امثال این‌ها نداریم که به تقویت جامعه مدنی کمک کرده باشد و در این دوره به تصویب رسیده باشد.
یا روال‌هایی را در ساختار اداری و اجرایی کشور جا انداخته باشند که بعدا نشود به راحتی به آن‌ها دست زد. چون اصلاح‌طلبان در آن دوره قدرت داشتند، فضای عمومی در دست شان بود و هزینه مخالفت با اقدامات آن‌ها سنگین بود ولی بعدا که ضعیف شدند هرکسی می توانست مخالفت کند و آقای خاتمی هم به همین دلیل عقب نشست.
ایشان و دولت‌شان در آن دوره نتوانستند در این زمینه اقدامات موثری انجام دهند بنابراین در مجموع که نگاه می کنیم می بینیم این ناموفق بودن در این حوزه باعث شد که وقتی آقای احمدی نژاد بر سر کار آمد جامعه مدنی را تا حدودی رفت و روب کرد و پایه‌های لرزانش را از بین برد و اوضاع بدتر شد. بنابراین از این جهت فکر می کنم ناموفق بود ولی از این جهت که گفتمان جدیدی را در عرصه عمومی ایران جا انداختند توفیق داشت».
ولی مفهوم جامعه مدنی با آرزوهایی که در دل مردم کاشته بود همچون تیری بود که از کمان رها شده باشد. حتی سازمان‌های مردم‌نهاد که مدت زیادی از تاسیس‌شان نمی‌گذشت نیز نمی‌خواستند از آنچه مورد باورشان بود دست بکشند. این‌جا بود که نهادهای اطلاعاتی و امنیتی با ارزیابی قدرت و توان خفته، سرکش و غیر قابل پیش‌بینی ریشه‌های جامعه مدنی متوجه شدند برای ناتوان و زمین‌گیر کردن آن باید یک سری تدابیر امنیتی را در دستور کار خود بگنجاند.
در کنار نهادهای اطلاعاتی و امنیتی، جبهه ضد اصلاحات نیز بی‌کار ننشست و به سازمان‌دهی و برنامه‌ریزی پرداخت. آنان با تشکیل «دولت پنهان» و با استفاده از ظرفیت‌های حکومتی و رسانه‌ای به مقابله با اصلاحات پرداختند و حتی شعارهای قانون‌گرایی خاتمی را مصادره کردند و به بهانه «قانون‌گرایی» اقدام به سرکوب و دستگیری‌های گسترده کردند.
شکستن حریم دانشگاه در واکنش به اعتراضات ۱۸ تیر ماه ۱۳۷۸ که به واقعه «حمله به کوی دانشگاه تهران» شهرت یافت یکی از موارد مهم مقابله با طرفداران جامعه مدنی به‌شمار می‌رود.
قتل‌های زنجیره‌ای تعدادی از نویسندگان و فعالان سیاسی نیز از نمونه های دیگر این نوع مقابله – به‌خصوص برای ایجاد ترس - بود.
هرچند سرکوب طرفداران جامعه مدنی موجب کندی روند مطالبات مردم شد و در نخستین دوره ریاست جمهوری محمود احمدی‌نژاد ظاهرا دیگر نشانی از آن نبود ولی در اعتراضات مردم به نتایج انتخابات سال ۱۳۸۸ بار دیگر ثابت شد که این مطالبه به مثابه آتش زیر خاکستر بوده است.
اعتراضات گاه و بی گاه پس از ناآرامی‌های ۸۸ و تجمعات دانشجویی در نقاط مختلف ایران طی دوره دوم ریاست‌جمهوری محمود احمدی‌نژاد این واقعیت را به اقتدارگرایان در بطن حکومت نیز ثابت کرد.
اردشیر امیرارجمند مشاور میرحسین موسوی و فعال سیاسی ساکن فرانسه در این زمینه معتقد است:
« کل حوادثی که از دوم خرداد ۷۶ به بعد به‌وقوع پیوسته نشان می‌دهد که تمایل مردم برای تشکل‌یابی و تقویت جامعه مدنی یک خواست ملی بوده که تقویت شده و علی‌رغم سرکوبی که صورت گرفته باقی مانده است. مطالبات برعکس آنچه تصور می‌کنند از بین نرفته بلکه گسترش پیدا کرده و تعمیق یافته است. در عین حال جامعه مدنی راه‌های دیگری برای دور زدن قدرت سرکوب پیدا کرده است. نمونه بارزش حوادث سال ۸۸ است و بعد از آن می بینیم که باز سرکوب شدت می یابد و تشکل‌یابی به‌ویزه در جامعه مدنی کند می‌شود اما به‌محض این‌که فرصتی فراهم می شود باز خود را نشان می دهد.
جامعه مدنی ایران راه حل مقابله با سرکوب را پیدا کرده و چشم‌اندازی بسیار روشن را ترسیم می‌کند. در عین‌حال نکته‌ای که باید مورد توجه قرار گیرد تنوع حرکت‌های مدنی ست. اگر در سابق حرکت جامعه مدنی به یک بخش خاص همچون مطالبات زنان و جوانان و اقلیت‌ها و بحث حقوق بشر محدود بودامروز در بسیاری زمینه‌های دیگر شاهد این حرکت‌ها هستیم مثلا حرکت های زیست‌محیطی که مدت‌ها با جدیت واقعی دنبال نمی‌شد امروز بحث بسیار مهمی دارد.
بحث مداخله در آسیب‌های اجتماعی در زمینه‌های مختلف تقویت شده و این نشان‌دهنده این است که به‌هرحال جامعه ایران می‌بایست این راه را طی کند و همه مردم هم می دانند و حکومت هم ناگزیر است که تسلیمخواست و اراده مردم شود».
در بررسی موانع موجود بر سر راه ایجاد جامعه مدنی در ایران لازم است علاوه بر مواردی که مورد کنکاش قرار گرفت به بنیان‌های اجتماعی، سیاسی و اقتصادی در ایران هم اشاره کرد که نقشی بازدارنده در مقابل جامعه مدنی دارند.
