ناکامی در لیگ، بلاتکلیفی در ساختار اداری، تعلل در نقل و انتقالات، ابهام در نحوه جذب بازیکنان خارجی، تمدید قرارداد مهره‌های ضعیف و افزایش شکایت‌های بازیکنان خارجی در فیفا، از جمله مشکلات باشگاه پرطرفدار پرسپولیس است.
مطالبات بازیکنان و مربیان از فصل‌های قبل و شش و نیم میلیارد تومان بدهی مالیاتی نیز از جمله مشکلات باشگاهی است که همچنان زیر نظر وزارت ورزش و جوانان اداره می‌شود.
جمعی از هواداران تیم فوتبال پرسپولیس مقابل ساختمان این باشگاه، به عملکرد مسئولان تیم در فصل نقل و انتقالات اعتراض کرده و خواستار جدایی بازیکنان ناموفق از پرسپولیس شدند.
پس از تجمع اعتراض‌آمیز هواداران پرسپولیس، صفحه اینستاگرام معاون اول رئیس جمهور هم با انتقادات گسترده طرفداران این تیم مواجه شده‌است.
پرسپولیس در بدترین فصل تاریخ فوتبال خود ۱۲ شکست را از ۳۰ بازی متحمل شد. در جدول رده‌بندی، فقط راه آهن و نفت مسجدسلیمان بیشتر از پرسپولیس باختند.
رتبه هشتم سرخپوشان در شرایطی رقم خورد که طی دو فصل گذشته، مدیرعامل‌ها، سرپرست‌ها و سرمربیان متعددی در این تیم فعالیت کرده‌اند. روند تغییر اعضای هیئت مدیره این باشگاه نیز چنان پرشتاب است که برنامه‌ریزی و هدف‌گذاری برای شش ماه آینده را نیز ناممکن می‌کند.
اسحاق جهانگیری در صفحه اینستاگرام خود دربارهٔ عدم واگذاری پرسپولیس و استقلال به بخش خصوصی نوشته: «تا زمانی که این دو باشگاه در اختیار دولت است، با وجود منابع محدود مالی تلاش می‌کند به خوبی و مطابق انتظار هواداران آنها را اداره کند.»
اما هواداران پرسپولیس در بیش از چهار هزار کامنت، اعتراض خود را به عملکرد دولت در نحوه اداره این تیم ابراز کردند.
فرشاد پیوس یکی از برترین بازیکنان تاریخ این باشگاه گفته: متأسفانه دلالانی هستند که روی پرسپولیس اشراف دارند و دائماً دنبال آوردن بازیکنان بی کیفیت به این تیم هستند.
مهاجم پیشین تیم ملی ایران در مصاحبه با خبرگزاری ایرنا یادآور شد: بازیکنان خارجی ضعیفی که در این چند سال به پرسپولیس آمدند، جز ضرر هیچ چیز نداشتند. بازیکنی چون تادئو در حد لیگ‌های دسته‌پایین هم نیست.
مهرداد میناوند هم گفته‌است: «آقای برانکو نمی‌ترسی از اشک هواداران روی سکوها؟ آقایان پشت پرده، بترسید از روزی که امثال میناوند لب باز کنند تا روی ماندن در این فوتبال را نداشته باشید. آیا لیگی که گذشت و پرسپولیسی که پاره‌پاره شد بس نبود؟»
کاهش محسوس تعداد هواداران پرسپولیس در ورزشگاه، از پیامدهای نتایج ضعیف این تیم در فصل گذشته است. حتی شهرآورد تهران هم نتوانست استادیوم آزادی را پر کند؛ این اتفاق که همواره برای پرسپولیس عادی بود، طی یکسال اخیر فقط با تماشای رایگان بازی مقابل النصر و الهلال عربستان میسر شد.
صبح جمعه مهدی تاج در برنامه زنده صداوسیما گفت: «میانگین تماشاگران در هندوستان برای هر بازی ۲۶ هزار نفر است. ژاپن ۱۷ هزار نفر، استرالیا ۱۲۵۰۰ نفر و چین هم ۱۸ هزار. اما ایران حتی در صورت محاسبه لیگ قهرمانان آسیا که کاری است اشتباه، کمتر از ۹ هزار نفر و این رقم بسیار کم است.»
او دربارهٔ چرایی این موضوع، به وضعیت پرسپولیس و استقلال و کاهش استقبال هواداران‌شان اشاره کرد.
رئیس سازمان لیگ در مورد بدهی‌های استقلال و پرسپولیس گفت: «اینکه بخواهیم به طور مثال مالیات‌های زمان علی عبده و تیمسار خسروانی را در زمان فعلی وصول کنیم، منطقی نیست. آن هم برای دو باشگاهی که این همه مشکلات دارند.»
در حال حاضر هیچ پیشکسوتی از دوران پیش از انقلاب، خواستار مطالبات معوقه‌اش نشده و مشخص نیست چرا تاج از آن دوران صحبت کرده. حتی اگر چنین اتفاقی هم بیافتد، با توجه به قراردادهای کمتر از ۵۰۰ هزار تومان در آن مقطع زمانی، هیچ مشکلی برای دو باشگاه پیش نخواهد آمد.
تمام اموال این دو باشگاه پس از انقلاب اسلامی مصادره شده. به نظر می‌رسد تاج برای اینکه از اکبر غمخوار، عباس انصاری‌فرد، محمد رویانیان و سایر مدیران دولتی این باشگاه نام نبرد، به عبده و خسروانی اشاره کرده.
پرسپولیس با شکایت‌های مکرر بازیکنان و مربیان خارجی سابق‌اش در فیفا هم مواجه است. شکایت‌هایی که منجر به کسر امتیاز و جرایم هنگفت ارزی می‌شود. مسئول حقوقی پرسپولیس به خبرگزاری فارس گفته: «پرونده حقوقی مانوئل ژوزه مرتبط با وزارت ورزش است. نمی‌شود پرونده این مربی بلاتکلیف باشد.»
در این بین، خبرگزاری فارس نوشته تی‌هومیر مربی بدنساز پرسپولیس به دلیل عدم دریافت مطالبات خود به حالت قهر از اتاق درفشی‌فر بیرون آمد و به کشورش بازگشت. به برانکو گفته شده بود که از مبلغ قرارداد خود دستمزد تی‌هومیر را بپردازد که سرمربی پرسپولیس نپذیرفت.
رضا چلنگر مترجم برانکو در گفت‌وگو با ایسنا دربارهٔ رفتن تی‌هومیر گفت: «این مربی به خاطر اینکه تعداد بازیکنانی که در تمرین حضور دارند، کم بود به کشورش رفت تا پس از تکمیل شدن تیم و همین‌طور امضای قراردادش به تمرین‌ها بازگردد.»
