دفتر اکبر هاشمی رفسنجانی در پاسخی شدیداللحن به محمد خامنه‌ای، برادر رهبر جمهوری اسلامی، تهدید کرد که از «اقدامات ناسپاسانه» محمد خامنه‌ای در پیش از انقلاب شواهد زیادی در دست است که این دفتر به خاطر «حفظ آبرو و حرمت بیت خامنه‌ای» و به‌ویژه رهبر جمهوری اسلامی از بیان آنها خودداری می‌کند.
این دفتر ادبیات محمد خامنه‌ای را «ساختارشکنانه» خوانده و نوشت که پاسخ گفتن به وی در «شـأن» هیـچ شخصیت حقیقی و حقوقی در جمهوری اسـلامی نیست.
محمد خامنه‌ای، برادر بزرگ‌تر علی خامنه‌ای، در مصاحبه‌ای با نشریه «رمز عبور» که روز ۱۹ آذر در خبرگزاری‌های تسنیم و فارس بازنشر شد آقای هاشمی رفسنجانی را «نامزد» آمریکایی‌ها برای «نفوذ» در ایران توصیف کرده و گفته بود که او و آیت‌الله حسینعلی منتظری بر سر «معامله با آمریکا رقابت داشته‌اند».
وی دراین مصاحبه همچنین گفته بود که آقای هاشمی رفسنجانی با رابرت مک فارلین دیدار و بعدا به «دروغ» این دیدار را تکذیب کرده است.
در سال ۱۳۶۵، رابرت مک‌فارلین، مشاور امنيت ملی رونالد ريگان، رئيس جمهور وقت آمريکا، و اليور نورٍث، دستيار او، سفر اعلام‌نشده‌ای به تهران داشتند که تاکنون روایت‌های متفاوتی از آن از سوی مسئولان جمهوری اسلامی منتشر شده است.
پس از افشای این سفر، تعدادی از نمایندگان مجلس از جمله محمد خامنه‌ای سوالی را از وزیر امور خارجه درباره این سفر مطرح کردند که طرح آن با واکنش شدید آیت‌الله خمینی، رهبر وقت جمهوری اسلامی، مواجه شد.
در متنی که روز سه‌شنبه، ۲۵ آذر، در وب‌سایت آقای هاشمی رفسنجانی منتشر شد آمده است: «البته سابقه محبت‌های آیت‌الله هاشمی رفسنجانی به ایشان به سال‌های قبل از انقلاب می‌رسد و مطالب زیادی از حرف‌ها و اقدامات ناسپاسانه وی هست که به خاطر حفظ آبرو و حرمت بیت شریف خامنه‌ای، از بیان آن خودداری می‌کنیم.»
این دفتر در انتهای پاسخ خود به سخنان محمد خامنه‌ای در عین حال تصریح کرد: «چرا کسانی که در جریان تصمیمات انقلاب، دفاع مقدس... هستند، در این گونه موارد... سکوت کرده و برای دفاع از نظام اسلامی، سخنان سخیف و داستان‌سرایی‌های تخیلی گروهی بغض‌آلود را پاسخ نداده و تماشاچی شده‌اند.»
محمد خامنه‌ای درمصاحبه خود همچنین گفته بود که اطرافیان آقای هاشمی رفسنجانی او را به سمت ریاست جمهوری «سوق» دادند تا «یک پله به رهبر شدن نزدیک شود و این یک توطئه آمریکایی بود».
دفتر آقای هاشمی رفسنجانی در پاسخ به این سخن برادر رهبر جمهوری اسلامی نوشت: «آقای سید محمد خامنه‌ای، احتمالاً در روز رحلت امام و انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رهبر جمهوری اسلامی ایران نبودند... وگرنه همگان می‌دانند که آیت‌الله هاشمی رفسنجانی چه نقشی در آن مقطع برای تعیین رهبری داشته‌اند.»
درادامه این پاسخ آمده است: «امروز دیگر حتی دانش‌آموزان مقطع ابتدایی در ایران می‌دانند که ریاست جمهوری هاشمی رفسنجانی پس از انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رهبر جمهوری اسلامی بود.»
روایات بسیاری از نقش آقای هاشمی رفسنجانی در به قدرت رساندن علی خامنه‌ای، رهبر کنونی جمهوری اسلامی، وجود دارد که خود او نیز در مناسبت‌های مختلف از آن صحبت کرده است.
از جمله فایل صوتیِ مشهوری از سخنرانی آقای هاشمی رفسنجانی در جمع اعضای مجلس خبرگان رهبری منتشر شده است که وی سخنانی را درباره نظر مثبت آیت‌الله خمینی در مورد جانشینی آیت‌الله خامنه‌ای پس از وی بیان می‌کند.
دفتر هاشمی رفسنجانی در پاسخ به سخنان برادر رهبر جمهوری اسلامی همچنین نوشت که نام محمد خامنه‌ای در تاریخ انقلاب اسلامی ایران «یک بار»، آن هم به گفته این دفتر «به خاطر حمله به دلسوزان انقلاب» برده شده است.
محمد خامنه‌ای، برادر رهبر جمهوری اسلامی ایران، روز شنبه، ۱۴ اردیبهشت ۹۲، نیز آقای هاشمی رفسنجانی را عامل اجرایی برنامه‌های آمریکا خوانده و نسبت به نامزدی احتمالی او در انتخابات ریاست جمهوری یازدهم هشدار داده بود.
وی مدت‌هاست که ریاست بنیاد حکمت صدرا را برعهده دارد.
