سخنگوی وزارت خارجه ايران، روز چهارشنبه، گفت گزارش وزارت خارجه امريکا درباره وجود تبعيض ها و محدوديت های مذهبی در ايران، فاقد اعتبار است.
مرضيه افخم گزارش وزارت خارجه آمريکا را در مورد آزادی های دينی در جهان از جمله ايران، فاقد اعتبار دانست و آن را «ابزاری به منظور اعمال فشار به ساير کشورها» توصيف کرد.
در اين گزارش که روز سه شنبه منتشر شد ايران بار ديگر در کنار کشورهايی چون عربستان سعودی، چين و کره شمالی در فهرست کشورهايی قرار گرفته است که از نظر وضعيت آزادی مذاهب، در مورد آن ها جای «نگرانی ويژه» وجود دارد.
مرضيه افخم با رد اين گزارش، گفت آمريکا خود «يکی از بزرگترين ناقضان حقوق مذهبی» در جهان است.
دولت آمریکا، روز دوشنبه، ششم مرداد، گزارش سالانه مربوط به آزادی‌های مذهبی در کشورهای گوناگون جهان را منتشر کرد و در آن در مورد ایران از تشدید محدودیت‌ها بر مذاهب تا نحوه مجازات‌ها، فرایند دادگاهی و دادرسی، وجود انبوه زندانیان سیاسی و دیگر موارد انتقاد شده است.
وزیر خارجه آمریکا، درمورد ایران بار دیگر بر تشدید محدودیت‌ها در عرصه‌های گوناگون و از جمله درباره اقلیت‌های مذهبی مانند مسیحیان و بهاییان تاکید کرده است.
آقای کری ازجمله به وضعیت شهروند ایرانی–آمریکایی، کشیش سعید عابدینی، فعال مسیحی تبشیری، اشاره کرد که همچنان در زندان است.
سازمان های بین المللی بارها از جمهوری اسلامی ایران برای نقض حقوق اقلیت های دینی انتقاد کرده اند.
سازمان بين‌المللی «درهای باز» در گزارش سالانه خود برای سال ۲۰۱۳ اعلام می‌کند که فشار بر مسيحيان در سراسر جهان در اين سال افزايش يافته است. در اين ميان ايران از نظر آزار و اذيت مسيحيان در ميان ده کشور اول است.
از انقلاب تاکنون چند رهبر کليسا در ايران کشته شده‌اند و صدها مسيحی نيز تحت بازجويی بوده و زندانی شده‌اند. چاپ کتاب مقدس به زبان فارسی ممنوع شده و برخی از کليساها تعطيل و از مراسم کليسايی جلوگيری به عمل آمده است.
اخیرا دادگاه انقلاب شیراز ۱۵ شهروند بهایی را به اتهام «جرائم امنیتی» محکوم به زندان‌های تعلیقی و تعزیری کرد که کمترین این احکام یک سال و نیم حبس تعلیقی و بیشترین آنها سه سال و نیم حبس تعزیری است.
بهاییت از جمله آیین‌هایی است که جمهوری اسلامی ایران آن را به رسمیت نمی‌شناسد و از آن با عناوینی مانند «فرقه ضاله» یا «فرقه انحرافی» نام می‌برد.
ده‌ها نفر از دراويش گنابادی نیز در حال حاضر در ايران زندانی‌اند.
