معاون امنیتی وزیر کشور ایران خبر داد که ۹ نفر از عوامل حمله به علی مطهری، نماینده تهران «توسط دستگاه قضایی استان فارس احضار و جلب شده‌اند و برای آن‌ها قرار وثیقه صادر شده است».
به گزارش خبرگزاری دولتی ایرنا، حسین ذوالفقاری روز دوشنبه ۱۰ فروردین همچنین گفت که «گزارش نهایی واقعه شیراز... تهیه و به وزیر کشور و ریاست شورای امنیت کشور ارایه و تا چند روز آینده نیز به مسوولان تقدیم خواهد شد».
به گفته آقای ذوالفقاری، در این گزارش به زمینه‌ها و عواملی که در بروز «این گونه وقایع» موثر بوده‌اند نیز توجه شده و علاوه بر شناسایی «عوامل متعرض» به آقای مطهری به دیگر «عوامل و عناصری» که در بروز حادثه نقش داشته‌اند و یا به مسوولیت قانونی خود عمل نکرده‌اند، پرداخته شده است.
معاون امنیتی وزیر کشور روز ۲۸ اسفند نیز خبر داده بود که ۱۵ نفر از عوامل حمله به علی مطهری شناسایی شده‌اند و دادستانی شیراز «دستورات اولیه قضایی مبنی بر احضار و جلب آنان» را صادر کرده است.
علی مطهری، نماینده تهران در مجلس، که روز ۱۸ اسفند برای سخنرانی در دانشگاه شیراز به این شهر سفر کرده بود در فرودگاه این شهر «با هجوم نیروهای لباس‌شخصی مورد ضرب‌وشتم» قرار گرفت و در نهایت مجبور به بازگشت به تهران شد.
پیش از این سخنان متفاوتی درباره عوامل حمله به آقای مطهری از سوی چهره‌های سیاسی اصولگرا مطرح شده است.
محی‌الدین حائری شیرازی، عضو مجلس خبرگان رهبری و امام جمعه سابق شیراز گفته بود که عوامل حمله به آقای مطهری «اراذل و اوباش نبود[ند]، جوانان نمازخوان ولایتی جان‌برکف برای اسلام بودند».
این در حالی است که حمید رسایی، از نمایندگان عضو جبهه پایداری در مجلس گفته است: «اتفاقی که در شیراز رخ داده کار بچه حزب‌اللهی‌ها نیست و اگر کسی که این کار را کرده چنین ادعایی دارد، مثل آنهایی که از اعتدال دم می‌زنند، دروغ می‌گوید».
در همین حال علی مطهری روز ۱۹ اسفند ۹۳ درباره حمله‌کنندگان به خود گفته بود: «ظاهراً یک اصلِ پذیرفته شده بود؛ این افراد که از تجهیزات‌شان مانند موتورهای سنگین و گاز فلفل معلوم بود از کجا دستور گرفته‌اند».
«موتورهای سنگین» معمولاً توسط نهادهای نظامی و نیروهای بسیج در ایران استفاده می‌شود.
در همین حال رضا یوسفیان، نماینده سابق شیراز در مجلس، در نامهای خطاب به کامران باقری لنکرانی، وزیر بهداشت در دولت محمود احمدی‌نژاد، حمله کنندگان به آقای مطهری را تلویحا با حمله کنندگان به مسجد قبا متعلق به آیت‌الله علی محمد دستغیب در سال ۸۹ و همچنین معترضان به سخنرانی‌های برخی از شخصیت‌های اصلاح طلب در شهر شیراز مرتبط دانسته است.
در سال ۸۹ تعدادی از «نیروهای لباس‌شخصی» همزمان با «روز قدس» در ایران به مسجد قبا که محل فعالیت آیت‌الله دستغیب، نماینده استان فارس در مجلس خبرگان رهبری و از جمله چهره‌های منتقد آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی است، حمله کردند.
بر اساس گزارش‌ها، پس از این حمله تعدادی از شاگردان آیت‌الله علی محمد دستغیب به زندان، ممنوعیت فعالیت فرهنگی و تبعید محکوم شدند. یکی از حمله‌کنندگان به این مسجد نیز به تحمل زندان، شلاق و تبعید محکوم شد.
به گزارش وب سایت «کلمه»، نزدیک به میرحسین موسوی، رضا یوسفیان در این نامه نوشته است: «به زمان‌‌های دور از جمله لشکر کشی به مسجد آتشی‌ها (قبا) و هجمه مغول‌گونه به خانه و خانواده آیت‌الله دستغیب اشاره نمی‌نمایم بلکه مقصود من ممانعت از سخنرانی دکتر کولایی، تلاش برای بر هم زدن سخنرانی دکتر عارف، تهدید خانم ابتکار، هیاهو و تهدید جانی در هنگام سخنرانی حجج اسلام یونسی و غفاری در همین یکی دو سال در شیراز و نادیده گرفتن آن‌ها می‌باشد».
کامران باقری لنکرانی، وزیر بهداشت در دولت محمود احمدی‌نژاد پیش از این در نامهای ضمن انتقاد از سخنان علی مطهری درباره نقش امام جمعه شیراز در حمله به او نوشته بود: «در جریان واقعه مسجد آتشی‌ها... دست‌هایی بسیار تلاش کردند تا شیراز را به آشوب بکشانند که با مدیریت هوشمندانه نماینده ولی فقیه در استان... آیت‌الله ایمانی ترفندهای این گروه برای ایجاد درگیری و بهانه‌سازی برای ضد انقلاب که با سوءاستفاده از جمعی از جوانان مومن ولی احساساتی در حال شکل‌گیری بود به شکست انجامید».
اسدالله ایمانی، امام جمعه شیراز، روز ۲۲ اسفند در سخنانی تلویحاً علی مطهری را به «طاغوت» و «فتنه» منتسب دانسته و گفته بود که «اگر کسی حریم ولایت و خبرگان و فتنه را شکست، باید انتظار داشته باشد که دیگران حریم او را نشکنند؟»
آقای مطهری پس از این سخنان، امام جمعه شیراز را متهم ردیف اول در حمله به خود معرفی کرده بود.
