جانشین سازمان اطلاعات سپاه پاسداران در واکنش به تکذیب سخنان منتسب به او از سوی وزارت اطلاعات گفت که این دو نهاد امنیتی با یکدیگر «کاملاً هماهنگ» هستند و «اگر تمام فعالیت‌های اطلاعات سپاه به نام وزارت اطلاعات هم منتشر شود، ما هیچ گلایه‌ای نداریم».
به گزارش خبرگزاری فارس، حسین نجات روز دوشنبه نهم اسفند، تأکید کرد که شورای هماهنگی اطلاعات که سازمان اطلاعات سپاه پاسداران نیز عضو آن است، با مسئولیت وزیر اطلاعات «به صورت مستمر» تشکیل و اگر« اختلاف نظری وجود داشته باشد، در آن مطرح و حل و فصل می‌شود».
او اعلام کرد که در سخنان پیشینش درباره «خنثی کردن یک عملیات تروریستی» در بهمن ماه از وزارت اطلاعات نام برده و درباره دستگیری عبدالمالک ریگی از ارگان خاصی نام نبرده است.
آقای نجات همچنین گفت که در آن سخنرانی، اعلام کرده که دستگیری جیسون رضائیان و «عملیات اطلاعاتی مربوطه» توسط اطلاعات سپاه پاسداران انجام شده و «به واسطه آن توانستیم بخشی از دارایی‌های جمهوری اسلامی ایران را آزاد کنیم».
او اضافه کرد: «بدیهی است وزارت اطلاعات نیز به عنوان مسئول شورای هماهنگی اطلاعات، در این ارتباط به وظایف خود عمل کرده است».
وزارت اطلاعات ایران روز یکشنبه از زبان یکی از مقام‌های خود گفته‌های آقای نجات درباره نقش سازمان اطلاعات سپاه در چند عملیات مختلف، از جمله دستگیری عبدالمالک ریگی و نیز «خنثی کردن یک عملیات تروریستی» در بهمن ماه امسال و تبادل زندانیان با آمریکا را تکذیب کرده بود.
وزارت اطلاعات تأکید کرده بود که این اقدامات «منحصراً» توسط مأموران این وزارتخانه انجام شده و سازمان اطلاعات سپاه پاسداران نقشی در آن نداشته است.
گزارشی که رسانه‌های ایران روز ۵ اسفند از یک سخنرانی جانشین سازمان اطلاعات سپاه منتشر کردند حاکی از این ادعا بود که هشت غیرایرانی که اخیراً خبر بازدشت آنها از سوی وزیر اطلاعات اعلام شده «با اشراف اطلاعاتی بالای سپاه» دستگیر شده‌اند.
این گزارش همچنین از قول آقای نجات یادآور می‌شد که در جریان دستگیری عبدالمالک ریگی یک «نیروی اطلاعات سپاه در کنار وی نشسته بود»، و علاوه بر این دریافت «یک میلیارد و ۴۰۰ میلیون دلار از آمریکا» در قبال آزادی جیسون رضائیان با «مجاهدت شهادت‌گونه نیروهای اطلاعاتی سپاه» صورت گرفته است.
ادعای جانشین سازمان اطلاعات سپاه در مورد این چند پرونده و تکذیب نقش این سازمان در آنها از سوی مقام وزارت اطلاعات، بار دیگر یادآور اقدامات امنیتی موازی در ساختار حکومتی در ایران است.
بخش اطلاعات سپاه پاسداران که در سال ۸۸ با حکم رهبری جمهوری اسلامی به سازمان اطلاعات سپاه پاسداران تبدیل شده، در یکی دو دهه اخیر به موازات فعالیت‌های وزارت اطلاعات اقداماتی را پیگیری می‌کند و این گونه اقدامات انتقادهایی را در پی داشته است.
در سال‌های گذشته و به خصوص پس از انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ بسیاری از فعالان سیاسی، فعالان حقوق بشر و روزنامه‌نگاران به دست نیروهای اطلاعات سپاه پاسداران بازداشت شده‌اند، و در این زمینه در خرداد سال ۹۳، علی مطهری گفته بود که «سپاه نبايد در کار وزارت اطلاعات دخالت کند».
اما در شهریور ۹۴ حسین سلامی، جانشین فرمانده کل سپاه پاسداران تأکید کرده بود که «همه دستگاه‌های نظامی» دنیا برای برخورد با حملات سیستم اطلاعاتی دارند، و اذعان کرده بود که این نیرو «دارای شبکه‌های نیرومند اطلاعاتی در درون و بیرون کشور است».
