یک روز پس از گزارش سازمان امور مالیاتی درباره معافیت ۱۰ نهاد از مالیات، معاون این سازمان گفت که «نهادها و بنیادهای انقلاب اسلامی، مالیات عملکرد تمامی فعالیت‌های اقتصادی خود و همچنین تمامی مالیات‌های تکلیفی و ارزش افزوده را پرداخت می‌کنند.»
خبرگزاری فارس روز شنبه از صدور بخشنامه نادر جنتی، معاون مالیات‌های مستقیم سازمان مالیاتی، خبر داده بود که در آن نام بنیادها و نهادهای انقلاب اسلامی دارای مجوز معافیت از مالیات مستقیم از طرف رهبر پیشین و رهبر کنونی جمهوری اسلامی اعلام شده بود.
بنیاد مستضعفان انقلاب اسلامی، ستاد اجرایی فرمان امام، بنیاد شهید، کمیته امداد، سازمان تبلیغات اسلامی، دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم، بنیاد مسکن انقلاب اسلامی، مرکز خدمات حوزه‌های علمیه، موسسه پژوهشی فرهنگی انقلاب اسلامی و جامعه المصطفی العالمیه در این فهرست ذکر شده بود.
به گزارش خبرگزاری ایرنا از میان این ۱۰ نهاد، هفت نهاد حدود هفت هزار میلیارد تومان از دولت بودجه می‌گیرند و سه نهاد نیز بودجه‌ای از دولت دریافت نمی‌کنند.
از این ۱۰ نهاد، بنیاد مستضعفان، ستاد اجرایی فرمان امام و مؤسسه پژوهشی فرهنگی انقلاب اسلامی بودجه‌ای از دولت نمی‌گیرند.
اما یک روز پس از انتشار این خبر، خبرگزاری مهر نوشت که نادر جنتی گفته است: «در اجرای تبصره دو ماده ۲ قانون مالیات‌های مستقیم، تمامی بنیادها و نهادهای انقلاب اسلامی بابت فعالیت‌های اقتصادی خود، از هیچ‌گونه معافیت مالیاتی برخودار نیستند.»
بنا بر این گزارش، وی «با اشاره به انتشار خبری در رسانه‌ها در خصوص معافیت مالیاتی بنیادها و نهادهای انقلاب اسلامی از سوی سازمان امور مالیاتی کشور»، گفت: «فعالیت اقتصادی بنیادها و نهادهای انقلاب اسلامی وفق ضوابط و مقررات قانونی مشمول مالیات است.»
در سال‌های گذشته موضوع پرداخت نکردن مالیات نهادهای اقتصادی وابسته به رهبر جمهوری اسلامی اعتراض‌هایی را به دنبال داشته است.
برخی از این نهادها از جمله بنیاد مستضعفان و آستان قدس رضوی اعلام کرده‌اند که مالیات بر ارزش افزوده را پرداخت می‌کنند.
با این حال منتقدان اعلام کرده‌اند که مالیات بر ارزش افزوده در واقع مالیاتی است که تولیدکنندگان در نهایت آن را از مشتریان خود دریافت می‌کنند و با مالیات سالانه که دیگر فعالان اقتصادی می‌پردازند تفاوت دارد.
از جمله در انتخابات ریاست جمهوری ۹۶ موضوع پرداخت نکردن مالیات آستان قدس رضوی انتقاد حسن روحانی و مقامات دولت او را به دنبال داشت.
موضوع دخالت نهادهای اقتصادی زیر نظر رهبر جمهوری اسلامی در اقتصاد در سال‌های گذشته انتقادات زیادی را به دنبال داشته است.
علی مطهری، نایب رئیس مجلس، در اسفند ماه ۹۵ گفت که با فعالیت نهادهایی چون «ستاد اجرایی فرمان امام» مخالف است، چرا که برخی از این نهادها از پرداخت مالیات معاف هستند و در اقتصاد کشور «اخلال ایجاد می‌کنند».
مجید فراهانی، دبیرکل حزب ندای ایرانیان، نیز پیش از این گفته است: «بیش از ۴۰ درصد اقتصاد ایران در اختیار بنیادها و نهادهایی است که یک ریال هم مالیات نمی‌دهند و با اتکا به رانت قدرت تمام طرح‌های ملی و عمرانی را در رقابتی نابرابر و غیرمنصفانه تصاحب می‌کنند.»
