در حالی که برخی از امامان جمعه از اکبر هاشمی رفسنجانی تجلیل کرده و برخی از تحلیل‌گران از او به عنوان شخص دوم انقلاب اسلامی نام برده‌اند، امام جمعه مشهد گفت که در نگاه آیت‌الله خمینی «از همان اول» شخص دوم کشور آیت‌الله خامنه‌ای بود.
به گزارش خبرگزاری فارس، احمد علم‌الهدی امام جمعه مشهد در خطبه‌های روز ۲۴ دی با اشاره به انتصاب آیت‌الله خامنه‌ای به سمت امام جمعه تهران در ۲۴ دی سال ۵۸ گفت که «از همان اول در نگاه امام، شخص دوم این انقلاب» آیت‌الله خامنه‌ای بود.
وی همچنین مدعی شد که آیت‌الله خمینی با حکم خود درواقع آیت‌الله منتظری را از سمت امام جمعه تهران«عزل» و آیت‌الله خامنه‌ای را جانشین او کرد.
سخنان آقای علم الهدی در حالی بیان شده است که بر اساس بسیاری از گزارش‌ها دلیل استعفای آیت‌الله منتظری از سمت امام جمعه تهران تصمیم او برای بازگشت به قم بوده است.
آيت الله منتظری نیز در خاطراتش گفته که از نظر وی، آقای خامنه‌ای خطيب خوبی بوده و به همین دلیل او را به عنوان جانشین خود به آیت‌الله خمینی معرفی کرده است.
امام جمعه مشهد همچنین گفت که هیچ چهره‌ای نمی‌تواند در مقابل رهبر جمهوری اسلامی «عرض‌اندام داشته باشد» و خودش را با او «هم‌وزن بداند».
وی اضافه کرد: «این امروز حجت خدا بر ماست که هیچ چهره و نظر و اندیشه را نباید در کنار رهبر انقلاب قرار دهیم و با هیچ کسی که با رهبری زاویه دارد نباید طرح دوستی و رفاقت بریزیم.»
در سال‌های گذشته نیز بارها افراد نزدیک به رهبر جمهوری اسلامی از آقای هاشمی رفسنجانی به دلیل اینکه او در سخنانش خود را فردی هم‌سطح با رهبر جمهوری اسلامی توصیف می‌کرد، انتقاد کرده بودند.
بسیاری از تحلیل‌گران از اکبر هاشمی رفسنجانی به عنوان فردی نام برده‌اند که پس از آیت‌الله خمینی سال‌ها به لحاظ سیاسی فرد دوم جمهوری اسلامی محسوب می‌شده است.
درهمین حال محمد امامی کاشانی،امام جمعه تهران، با اشاره به برخی از سمت‌ها و اقدامات آقای هاشمی رفسنجانی در جمهوری اسلامی گفت که مراسم تشییع پیکر او«با این عظمت، نشان‌دهنده وحدت ملی بود».
محسن مجتهدشبستری، امام جمعه تبریز، نیز ضمن تجلیل از آقای هاشمی رفسنجانی افزود: «شخصیت‌ها نباید اجازه بدهند اسم و شخصیت آیت‌الله رفسنجانی به افراد و گروهک خاصی اختصاص داده شود؛ زیرا ایشان به همه مردم تعلق داشته‌اند».
برخی از دیگر امامان جمعه ایران از جمله ناصر ایمانی، امام جمعه شیراز، نیز با اشاره به سمت‌های آقای هاشمی رفسنجانی در مقاطع مختلف جمهوری اسلامی از او تجلیل کرده‌اند.
آقای رفسنجانی برای سه دهه یکی از افراد نزدیک به رهبر جمهوری اسلامی بود، اما در خرداد ماه سال ۸۸، تنها چند روز پیش از برگزارى انتخابات ریاست جمهورى در نامه سرگشاده‌اى به رهبر جمهوری اسلامی، ضمن اعتراض به اتهام‌هاى وارده از سوى محمود احمدى‌نژاد به وى و اعضاى خانواده‌اش از آیت‌الله خامنه‌ای خواست تا سلامت انتخابات را تضمین کند.
رهبر جمهوری اسلامی به صورت رسمی هرگز به این نامه پاسخ نداد اما برخی از نزدیکان او این نامه را که «بدون سلام شروع می‌شد»، یکی از زمینه‌های شکل‌گیری اعتراض‌ها به انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ دانسته و آقای هاشمی رفسنجانی را «رأس فتنه» خطاب کرده‌اند.
آیت‌الله خامنه‌ای همچنین در خطبه‌های نماز جمعه ۲۹ خرداد سال ۸۸ گفت که نظرش به محمود احمدی‌نژاد «نزدیک‌تر» است.
رهبر جمهوری اسلامی در پیامی به مناسبت درگذشت اکبر هاشمی رفسنجانی از او به عنوان «همرزم و همگام» خود نام برد و افزوده بود که «اختلاف نظرها و اجتهادهای متفاوت»، هرگز «پیوند رفاقت» بین او و آقای هاشمی رفسنجانی را از بین نبرده است.
صدا و سیما و دیگر نهادهای زیر نظر رهبر جمهوری اسلامی که در سال‌های گذشته به شدت از آقای هاشمی رفسنجانی انتقاد می‌کردند، در روزهای گذشته از او به عنوان «یار دیرین» رهبر جمهوری اسلامی نام برده و از او تجلیل کرده‌اند.
اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام ایران و از چهره‌های بنیانگذار جمهوری اسلامی، روز یکشنبه ۱۹ دی، «به دلیل عارضه قلبی» درگذشت.
با اشاره به حجم ساخت‌وسازهای زیربنایی، از دولت هاشمی رفسنجانی با عنوان «دولت سازندگی» یاد شده است.
مواضع هاشمی رفسنجانی در صحنه سیاسی همواره مواضعی بحث‌برانگیز بوده و شماری از فعالان سیاسی یا نویسندگان با انتقاد از او به‌عنوان کسی نام برده‌اند که در دوران ریاست‌جمهوری‌اش تحت سرکوب یا هدف حملات نیروهای امنیتی و اطلاعاتی قرار گرفته‌اند.
