پس از دو بار مخالفت فیفا با کنفدراسیون فوتبال آسیا با انتخاب مهدی محمدنبی، او رسماً به عنوان دبیر فدراسیون فوتبال ایران معرفی شد.
فیفا و کنفدراسیون فوتبال آسیا که بیست و پنجم اسفند مانع از برگزاری انتخابات ریاست فدراسیون فوتبال ایران شده بودند، معرفی محمدنبی به عنوان دبیر فدراسیون را هم غیرقانونی می‌دانستند.
با برگزاری جلسه اینترنتی بین نمایندگان کنفدراسیون فوتبال آسیا (AFC) و فدراسیون فوتبال، سرانجام فیفا اجازه داد این تحول صورت بگیرد و محمدنبی به جای ابراهیم شکوری دبیر فدراسیون شود.
این تأییدیه با استقبال هواداران پرسپولیس مواجه شده که مخالف حضور نبی در هیئت مدیره تیم‌شان بودند و در ورزشگاه آزادی علیه او شعار مشهور «حیا کن رها کن» را سر می‌دادند.
نبی نیز بدون پیام خداحافظی به هواداران پرسپولیس، رسماً سمت دبیر کلی فدراسیون فوتبال را به عهده گرفت.
فدراسیون پس از جدایی مهدی تاج، رئیس ندارد. بهاروند سرپرست موقت فدراسیون، بازنشسته است و ضمن اینکه جزو حلقه یاران نبی به‌شمار می‌رود.
به این ترتیب، نبی که گزینه وزارت ورزش برای انتخابات ریاست فدراسیون بود، حالا به‌رغم لغو انتخابات، سکان هدایت فوتبال کشور را در اختیار گرفته.
نبی در ماجرای تقلب انتخابات هیئت فوتبال فارس با انتقاد عادل فردوسی‌پور مواجه شد. در برنامه ۹۰ گفته شد که او به نفع آیت‌اللهی، آرای هیئت‌ها را مهندسی کرده است.
در آن برنامه که خود نبی به استودیو آمده بود، فردوسی‌پور تأکید کرد که پاسخ شفافی برای سؤالاتش دریافت نمی‌کند.
نبی در انتخابات لغو شده ۲۵ اسفند نامزد ریاست بود و روزنامه ایران وررشی در گزارشش به او لقب «مرد پرنفوذ در سایه» را داد.
آقای نبی رابطه خوبی با محمدباقر قالیباف دارد. فرمانده سابق نیروی انتظامی و عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام که به عنوان رأی اول تهران به مجلس یازدهم شورای اسلامی راه یافته است.
نبی در انتخابات ریاست جمهوری سال ۹۲ که تیم ملی فوتبال در اولسان بود، پای صندوق برای قالیباف تبلیغ می‌کرد. موضوعی که انتقاد رسانه‌های اصلاح‌طلب را در پی داشت.
در حالی که به گزارش روزنامه همشهری، وقتی روحانی انتخاب شد و با اولسان تماس گرفت تا صعود ملی‌پوشان به جام جهانی را تبریک بگوید، نبی هم انتخاب او را تبریک گفت.
با صعود آن تیم به جام جهانی، ماجرای جنجالی «حواله خودروی خارجی» پیش آمد. نبی و کفاشیان در کنار اعضای تیم، نام خودشان را هم در فهرست دریافت‌کنندگان حواله گنجاندند.
در حالیکه اسم کمک مربیان تیم ملی و جمعی از بازیکنانی که قبل از اولسان همراه تیم ملی بودند، خط خورد.
طبق گزارش سایت برنامه نود، حواله‌ها را به مبلغ ۱۵۰ میلیون تومان فروختند. موضوعی که باعث جدایی آنتونی سیموئز کمک مربی پرتغالی تیم ملی، جدایی امید نمازی و کدورت سایر دستیاران شد.
رسول جوزی دوست آقای نبی بدون سابقه ورزشی به سرپرستی رده‌های پایه در تیم ملی رسید. مجله دنیای فوتبال او را صاحب میوه فروشی در نیاوران معرفی کرد.
در بحبوحه اعتراضات خیابانی ۸۸، آقای نبی افشین قطبی را به مراسم تنفیذ احمدی‌نژاد برد. گرچه پس از انتخابات ۹۲ در دفتر هاشمی رفسنجانی هم حاضر می‌شد.
ایده «بازی خداحافظی» به مناسبت پایان ریاست جمهوری احمدی‌نژاد از ابتکارات نبی بود که بین تیم اعزامی به جام جهانی ۹۸ و تیم منتخب اعزامی به جام جهانی ۲۰۱۴ برگزار شد.
در تمام این موارد، آقای نبی حتی از تکذیب اتهامات نیز خودداری کرده است. مردی که حتی در مصاحبه‌های زنده نیز علیرغم ارائه توضیحات طولانی، پاسخی به انتقادات نمی‌دهد.
مجله دنیای فوتبال در شماره دی ۹۲ برپایی آژانس خصوصی نقل و انتقالات در دفتر جردن، همچنین بکارگیری دلالان سرشناس برای ورود مربیان و بازیکنان خارجی را به مهدی محمدنبی نسبت داد.
این موضوع هم تکذیب یا جوابیه نبی را در پی نداشت. در این گزارش به ماجرای لغو بازی دوستانه با نیجریه نیز اشاره شده‌است.
نیجریه از یک ایرانی به نام عظیم آقاجانی به عنوان عضو سپاه پاسداران نام برد که در انتقال ۱۳ کانتینر سلاح به این کشور دست داشته. موضوعی که انصراف این کشور از انجام بازی دوستانه را در پی داشت.
نبی حق وکالت در پیگیری پرونده را به برادرش حسین محمدنبی سپرد که وعده اخذ غرامت ۳۰۰ هزار دلاری از نیجریه را داد. وعده‌ای که هیچگاه تحقق نیافت.
