نایب رئیس مجلس شورای اسلامی حکم دیوان عدالت اداری مبنی بر توقف فعالیت عضو زرتشتی شورای شهر یزد را «خلاف قانون» خواند و گفت که ابلاغیه شورای نگهبان در این باره قانون نیست و «صرفاً» از طرف دبیر این شورا صادر شده‌است.
علی مطهری روز چهارشنبه، ۱۲ مهر، در مصاحبه با خبرگزاری ایسنا تأکید کرد که «مجلس با استفاده از ابزار نظارتی خود این موضوع را پیگیری خواهد کرد».
وی اعلام نکرد که مجلس بر اساس اختیارات خود چه اقداماتی در این باره می‌تواند انجام دهد.
به دنبال شکایت علی‌اصغر باقری، یکی از نامزدهای شکست‌خورده شورای شهر یزد، دیوان عدالت اداری در شهریور ماه حکم تعلیق موقت عضویت سپنتا نیکنام در شورای شهر یزد را صادر کرد.
پس از آن معاون سیاسی و امنیتی استاندار یزد اعلام کرد که استانداری «پاسخ حقوقی مستدلی تهیه» و به دیوان عدالت اداری ارسال کرده و منتظر پاسخ این دیوان است. تاکنون گزارشی از پاسخ دیوان عدالت اداری به استانداری یزد منتشر نشده‌است.
در حکم دیوان عدالت اداری به نظر فقهای شورای نگهبان مبنی بر ممنوعیت انتخاب اقلیت‌های مذهبی به عنوان عضو شورای شهر استناد شده‌است.
انتظار برای پاسخ دیوان عدالت اداری، در حالی است که علی افخمی، دبیر هیئت نظارت بر انتخابات شورای اسلامی شهر و روستا در استان یزد، روز پنجشنبه تأکید کرد که صلاحیت مجدد عضو زرتشتی شورای شهر یزد در کمیته حقوقی این هیئت تأیید شده است.
احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان، روز ۲۶ فروردین در نامه‌ای با استناد به اصل چهارم قانون اساسی جمهوری اسلامی، مواد ۱۹ و ۲۱ آیین‌نامه داخلی شورای نگهبان و نظریه فقهای این شورا راجع به تبصره یکم ماده ۲۶ قانون شوراها، خواستار رد صلاحیت نامزدهای اقلیت‌های غیرمسلمان در مناطقی شده بود که اکثر جمعیت آنها مسلمان است.
با این حال علی مطهری اعلام کرد که این ابلاغیه «مصوبه شورای نگهبان نیست، بلکه صرفاً از طرف آقای جنتی صادر شده‌است».
نایب رئیس مجلس تأکید کرد که شورای نگهبان نمی‌تواند یک قانون را سال‌ها پس از تأیید آن «خلاف شرع» اعلام کند بلکه اگر پیشنهادی دربارهٔ تفسیر یک قانون دارد باید آن را به دولت یا مجلس بدهد تا مراحل قانونی خود را طی کند.
بر اساس قوانین ایران تفسیر قانون اساسی بر عهده شورای نگهبان و تفسیر قانون عادی بر عهده مجلس است. قانون مورد اشاره نیز قانون عادی است.
آقای مطهری همچنین با اشاره به اینکه ابلاغیه شورای نگهبان با استناد به سخنان آیت الله خمینی صادر شده‌است، افزود که اگر موضوعی بر خلاف سخن رهبر سابق جمهوری اسلامی بود، «به این معنی نیست که خلاف شرع است».
آیت الله خمینی در ۱۲ مهر ۵۸ دربارهٔ اعضای شورای شهر گفته بود: «افراد باید اولاً مسلمان باشند و ثانیاً معتقد به نهضت باشند، امین باشند در کارهایشان، ایمان حقیقی داشته باشند، متعهد باشند نسبت به احکام اسلام، سوابق خلاف و سوء نداشته باشند… و البته آنهایی که غیرمسلم هستند برای خودشان شوراهایی ممکن است تعیین کنند».
نامه دبیر شورای نگهبان در زمان برگزاری انتخابات شوراها نیز موضوع اختلاف این شورا و هیئت نظارت بر انتخابات، وابسته به مجلس، بود و در نهایت، این هیئت، نظر شورای نگهبان را نپذیرفت و صلاحیت تعدادی از اقلیت‌های دینی را تأیید کرد.
شورای اسلامی شهر یزد دارای ۱۱ عضو اصلی و هفت عضو علی‌البدل است و سپنتا نیکنام به عنوان نفر هفتم شورای شهر انتخاب شده‌است.
آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، در شهریور ماه در اقدامی کم‌سابقه، در پاسخ به نامه مولوی عبدالحمید که دربارهٔ «تبعیض» نسبت به اهل سنت انتقاد کرده بود، نوشته بود که ارکان جمهوری اسلامی موظفند «بر اساس قانون اساسی» بین ایرانیان تبعیض روا ندارند.
نامه رهبر جمهوری اسلامی و تأکید او بر رفع تبعیض‌ها «بر اساس قانون اساسی» در حالی بیان می‌شود که در اصل دوازدهم قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، مذهب رسمی کشور، مذهب شیعه اثنی‌عشری اعلام شده و در اصل ۱۱۵ نیز مناصب عالی نظام، یعنی رهبری و ریاست‌جمهوری به شیعیان اختصاص داده شده‌است و سنیان و پیروان دیگر مذاهب از احراز این مقام‌ها محرومند.
مسیحیان، یهودیان و رزتشتیان در ایران همچنین از سمت‌های دولتی سیاسی مانند بخشداری و فرمانداری و سمت‌های بالا در دیگر ادارات جمهوری اسلامی محرومند.
پس از پیروزی انقلاب ۵۷ در ایران، صدها بهایی زندانی و تعدادی از آنان نیز اعدام شده‌اند. در سال‌های گذشته همچنین تعدادی از بهاییان، نوکیشان مسیحی، یهودیان و زرتشتیان در ایران بازداشت شده‌اند.
