برگزاری انتخابات نهمین دوره اعضای «شورای عالی حوزه‌های علمیه» و تأیید نتایج آن از سوی علی خامنهای، رهبر جمهوری اسلامی، بحث برانگیز شده است. رای نیاوردن سید احمد خاتمی در ادامه کنار رفتن وی از هیئت رئیسه مجلس ششم خبرگان رهبری در کانون بحث‌ها قرار دارد.
زمزمه‌هایی شنیده می‌شود که این اتفاقات به معنای به حاشیه رانده شدن او در بلوک قدرت و دور شدن از محدوده اعتماد نهاد ولایت‌فقیه به دلیل مخالفت با جانشینی مجتبی خامنهای است. با این حال، هنوز شواهد و مستندات معتبری در این خصوص مشاهده نشده است.
البته احمد خاتمی هنوز مناصبی چون عضویت شورای نگهبان، امامت جمعه موقت تهران، عضویت هیئت مدیره مرکز تحقیقات کامپیوتری علوم اسلامی و عضو شورای عالی مجمع جهانی اهل بیت، را در اختیار دارد. این فقیه ٦٤ ساله کرمانی در سال ١٣٩٩ جایگزین شیخ محمد یزدی در شورای نگهبان شد. در سال ١٤٠١ مجدداً در دوره هشتم شورای نگهبان به عنوان یکی از شش فقیه از سوی خامنهای برگزیده شد. حال ممکن است بر اساس سنت تغییر نیمی از فقهای شورای نگهبان بعد از سه سال، او در سال آینده کنار گذاشته شود.
احمد خاتمی به یک باره بعد از دوم خرداد ٧٦ و رئیس‌جمهور شدن محمد خاتمی در صحنه سیاسی ایران پدیدار شد. دلیل این کار شباهت نام وی با خاتمی و بیان نظرات متضاد در ضدیت با جنبش اصلاح‌طلبی بود.
او در دهه شصت از شاگردان آیت‌الله حسینعلی منتظری بود که به گفته مهدی کروبی در صف اول کلاس‌های درس ایشان حاضر می‌شد. اما بعد از «عزل غیرقانونی» آیت‌الله منتظری از قائم مقامی رهبری، صف خود را جدا کرد و در کنار حاکمیت قرار گرفت و مانند شماری از کارگزاران ارشد جمهوری اسلامی چون اکبر هاشمی رفسنجانی به مخالفت با مواضع سیاسی و حوزوی استاد سابق خود روی آورد.
سید احمد خاتمی با خدماتی که به نهاد ولایت‌فقیه کرد پله‌های ترقی در قدرت را به سرعت طی کرد و به یکی از سخنگویان بخش مسلط قدرت تبدیل شد. وی کماکان این موقعیت را حفظ کرده است. سخنان او در نماز جمعه‌های اخیر تهران گویای این ادعا است که مواضع رسمی نظام در تقابل با آمریکا، دفاع از اسماعیل قاآنی، فرمانده نیروی قدس سپاه پاسداران، و ضرورت پاسخ به حملات اسرائیل را تشریح کرده است. هیچ‌گونه موضع‌گیری انتقادی با وضعیت موجود از وی مشاهده نشده است.
اما در عین حال به نظر می‌رسد که نفوذ او در بلوک قدرت به طور نسبی تضعیف شده است. در حالی‌که او سخنگوی هیئت رئیسه مجلس پنجم خبرگان رهبری بود ولی در هیئت رئیسه ششم هیچ جایگاهی پیدا نکرد. البته او از دوره سوم تا پنجم خبرگان، مقام منشی را داشت که رده بالایی نبود و ارتقاء هم پیدا نکرد. افرادی چون ابراهیم رئیسی و سید هاشم حسینی بوشهری علی‌رغم این‌که در ابتدا جایگاه نازل‌تری از او در هیئت رئیسه مجلس خبرگان داشتند، اما توانستند تا نایب‌رئیسی مجلس خبرگان رشد کنند.
شورای عالی حوزه‌های علمیه یک نهاد حوزی است که از سوی اعضاء جامعه مدرسین برای مدت چهار سال انتخاب می‌شود و بعد از تأیید خامنهای و چند نفر از مراجع تقلید حکومتی مدیریت حوزه‌های علمیه در ابعاد آموزشی، اخلاقی، تبلیغاتی و اجتماعی را در دست می‌گیرند.
این نهاد ابتدا در سال ١٣٥٨ با دستور آیت‌الله خمینی و مشارکت آیت‌الله محمد گلپایگانی تشکیل شد. شکل اولیه آن انتخاب اعضا بر اساس معرفی سه نماینده از سوی هر دو مرجع فوق و سه نماینده از سوی جامعه مدرسین حوزه علمیه قم بود. بعد از این‌که خامنهای رهبر شد در هماهنگی با آیت‌الله اراکی و گلپایگانی شیوه انتخاب اعضا را بدین شکل تغییر داد که اعضا جامعه مدرسین، یک جمع هفت نفره را انتخاب کرده و به تأیید وی و مراجع تقلید برسانند. از سال ١٣٧٥ به بعد این رویه اعمال‌شده و تأیید نظر مراجع نیز جنبه تشریفاتی داشته است.
در دوره‌های نخست تجدید ساختار شورا، ناصر مکارم شیرازی، ابوالقاسم مصباح یزدی و رضا استادی حضور داشتند تا به نوعی موافقت مراجع تقلید حکومتی جلب شود اما در دوره‌های اخیر نیروهای مورد نظر خامنهای و منصوبان وی به عضویت شورا درآمده‌اند. البته معلوم نیست که اعضا جامعه مدرسین در فضای آزاد و بر اساس تشخیص خود رای می‌دهند یا این‌که تحت تاثیر تصمیمات بیت رهبری عمل می‌کنند.
احمد خاتمی از دوره پنجم، عضو این شورا شد و برای سه دوره بعد نیز این منصب را حفظ کرد اما در دوره نهم از آن کنار گذاشته شد. برای بررسی این‌که این اتفاق آیا واجد ویژگی سیاسی است یا نه؟ می‌توان وضعیت دیگر اعضای انتخاب‌شده در دوره نهم را بررسی کرد.
از هفت عضو دوره هشتم، تنها دو نفر (احمد خاتمی و حسینی بوشهری) در دوره نهم حضور ندارند. دو نفر جایگزین شده (سید محمد غروی و محمود عبداللهی) نیز افراد تازه واردی نیستند. عبداللهی که نظراتش به بخش سنتی جامعه مدرسین نزدیک است، در دوره چهارم و پنجم عضو شورا بوده و زودتر از احمد خاتمی به این نهاد پیوسته بود. غروی نیز از دوره سوم تا هفتم مستمراً حضور داشته و تنها در دوره هشتم در شورای یادشده عضویت نداشته است. هاشمی بوشهری ابتدا در دوره سوم عضو شورا شده و سپس در دوره چهارم حضور نداشته و باز از دوره پنجم تا هشتم عضو آن بود. بنابراین، تحولات در شورا از الگوی منظمی پیروی نمی‌کند. ممکن است احمد خاتمی در دوره دهم دوباره به عضویت این شورا برگردد.
مورد دیگری که حائز اهمیت است، توجه به موقعیت سید هاشم حسینی بوشهری است. او در دوره نهم شورای مدیریت حوزه‌های علمیه حضور ندارد اما رئیس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم است؛ نهادی که اعضای آن ترکیب شورای مذکور را انتخاب کرده‌اند! وی نایب رئیس اول مجلس ششم خبرگان رهبری نیز هست.
بنابراین لزوماً نمی‌توان نتیجه گرفت که عدم انتخاب در شورای مدیریت حوزه‌های علمیه نشانه به حاشیه رانده شدن و یا طرد از قدرت باشد. این حالت را نیز می‌توان نتیجه گرفت که از ابتدا قرار نبوده احمد خاتمی موقعیت بالایی در هرم قدرت جمهوری اسلامی داشته باشد. در مجموع، تحولات ماه‌های آینده مشخص می‌کند که وضعیت سید احمد خاتمی چه خواهد شد. فعلا وی در بلوک قدرت حضور دارد اما از شمار مناصب حکومتی‌اش به طور نسبی کاسته شده است.
